En bordure sud de la vallée de la Loue, au niveau de la falaise des Roches enchantées, la grotte de l'Église a révélé des traces d'une activité humaine au Paléolithique supérieur, par la présence de roches taillées (silex, jaspe ou cristal de roche).

Au Moyen Âge, l'histoire d'Excideuil, ancienne capitale du Périgord vert, se confond avec celle de son château qui changea de mains à plusieurs reprises. Français, Anglais, catholiques, protestants s'y sont succédé du xive au xvie siècle.

La seigneurie d'Excideuil fut érigée en marquisat en 1613 pour Daniel de Talleyrand. Ses descendants conservèrent le titre jusqu'en 1890.

Dès la création des communes, Excideuil fut chef-lieu de district de 1790 à 1800.

En 1823, l'ancienne commune de Saint-Martin-la-Roche fusionne avec Excideuil. En 1863, la commune d'Excideuil s’agrandit (88 hectares) à nouveau par distraction territoriale sur les communes de Saint-Martial-d'Albarède (comprenant alors le château d'Excideuil), de Saint-Médard-d'Excideuil et de Clermont-d'Excideuil (loi du 4 mars 1863)